工学院学位与研究生教育始于1997年，现有农业工程一级学科硕士学位授权点，机械设计及理论、农业机械化工程、农业电气化及自动化、农业生物环境及能源工程、农业水土工程等5个二级学科硕士学位授权点，工程硕士和农业推广硕士2个专业学位授权点。先后获得推荐免试攻读硕士学位、在职人员以研究生毕业同等学力申请硕士学位、在职人员攻读硕士专业学位、中职教师在职攻读硕士学位授予权，其中农业机械化工程学科江西省“九五”“十五”“十一五”重点建设学科。目前，在籍各培养类型硕士研究生72人，研究生招生专业及研究方向主要有：
学术型硕士研究生培养：
农业机械化工程（082801）
学科简介：本学科是综合应用机械、生物、信息、电子和管理等科学技术，为农业、农村发展与资源合理利用服务的工程技术学科，它以生物体、有机物及其环境为主要工作对象，研究机械化、自动化生产技术和管理技术，是一门独具特色，有待向深度和广度发展的学科。
主要研究方向：
1、农产品无损检测技术及装备
2、现代农业机械设计及理论
3、农业机械先进制造技术
4、农用动力及节能
农业生物环境与能源工程（082803）
学科简介：本学科主要研究生物环境与能源工程领域中的基础理论、新技术与新工艺、新设施与新装备，以及生物环境与能源工程中科学组织与管理、生物环境与能源工程领域的发展方向及规划、促进新型生物与能源工程技术的开发和生产，以促进生物环境与能源领域的研究与开发，为发展国民经济服务。建有相应的研究所和校级重点开放实验室，并有生物环境与能源工程实验室，装备有能源验机、生物微观图像分析设备、生物成像系统等用于教学和科研的大型设备，为教学和实验研究提供了有利的条件。
主要研究方向：
1、新能源技术研究
2、设施农业装备与节能
3、生物质材料性能及改性
农业电气化及自动化（082804）
学科简介：本学科主要从事农业生产过程中强、弱电的软硬件技术和自动控制技术等方面的研究。该学科师资力量雄厚，已培养了多名硕士研究生。完成了数十项科研项目，先后出版了多部专著、译著和研究生教材。建有相应的校级重点开放实验室，为研究生的教学和科研提供了有利的条件。积极开展学术交流活动。先后参加过多次国际学术会议和国内学术会议，并与许多国内知名大学和科研机构建立有长期的学术交流和合作关系。
主要研究方向：
1、计算机视觉检测技术
2、现代测试及传感技术
3、现代设施农业及其自动化控制
机械设计及理论（080203）
学科简介：本学科于2006年获硕士学位授予权，主要在传统机械科学基础理论和设计方法的基础上，与仿生学、电子学、控制理论、信息学、生物学、材料科学等许多种学科相互交叉、渗透，以动态设计、优化设计、可靠性设计、有限元设计、智能设计、虚拟设计、创新设计、机构学、啮合论、控制理论、振动理论、测试技术等基础理论与现代技术为基础，结合先进设计软件的二次开发，研究通用机械、工程机械、农业机械等领域的现代设计理论与方法，探究提高产品性能和进行产品改进设计的途径及手段。
主要研究方向：
1、光机电一体化设计
2、复合材料性能与计算机模拟
3、现代机械设计与研究
4、动力机械及工程
全日制专业学位硕士研究生培养
农业工程领域（085227）专业学位硕士
领域简介：农业工程是研究农业机械化、农业电气化和自动化、农业水土工程、农业生物环境等的工程技术领域，是综合应用工程、生物、信息和管理科学原理与技术，为农业、农村的发展、资源合理利用及环境治理服务的工程技术学科。它以生物体、有机物、农业资源环境的有关工程装备技术为主要研究对象，研究农业生物繁育、生长与产后处理工艺所需的机械与装备、设施及环境、资源科学利用、现代生产技术的集成与管理以及检测与自动化控制技术的应用等。学院本学科具有七十年的办学历史，拥有一批富有学术成就、科研成果和教学经验的师资队伍，完备的教学科研平台，为培养工程应用型高层次专业技术人才具备很好的条件。
主要研究方向：
1、现代机械设计方法
2、建筑节能技术与应用
3、农业机械化管理与规划
4、生物质材料研究与应用
农业机械化工程领域（095109）农业推广专业学位硕士
领域简介：农业机械化工程是研究农村和农业机械化发展、现代农业生产系统中的机械化生产工艺、规划和科学管理、农业机械装备的性能设计、试验，农业装备自动化及智能化，农产品加工工程等，促进优质、高产、高效农业的可持续发展。我院本学科具有七十年的办学历史，拥有一批富有学术成就和科研成果的师资队伍，完成该领域纵横向各类课题百余项，在各类级别期刊发表学术论文五百余篇，曾获省科技进步奖、省教学成果奖等多项，为地方经济建设、农业工程领域科技和管理人才的培养，做出了应有的贡献。
主要研究方向：
1、现代农业装备与设施技术
2、生物图像与计算机视觉技术
3、农业机械化管理与规划
在职专业学位硕士研究生培养
在职攻读农业推广硕士专业学位（470100）研究生培养
培养目标和要求：1、进一步学习和掌握马列主义、毛泽东思想、邓小平理论和“三个代表”的重要思想，树立马克思主义世界观；坚持四项基本原则，热爱祖国，献身农业；具有集体主义观念，遵纪守法，品德良好，艰苦奋斗、求实创新、能积极为我国农业现代化和农村发展服务，为农业技术研究、应用、开发及推广、农村发展、农业教育等企事业单位和管理部门培养应用型、复合型高层次人才；2、掌握相应领域的基础理论、系统的专业知识，以及相关的管理、人文和社会科学知识，具有较宽的知识面，掌握解决农业问题的先进技术和现代技术手段；具有创新意识和独立担负农业技术推广或农业、农村管理工作的能力；3、掌握一门外国语，能够阅读本领域的外文资料。
主要研究方向：
1、机械化生产技术与装备
2、农业机械化管理与规划
中等职业学校教师在职攻读机械设计及理论硕士学位（920100）培养
培养目标和要求：1、应较好的掌握马克思主义,毛泽东思想和邓小平理论,拥护中国共产党的基本路线和方针政策;热爱祖国,遵纪守法,具有良好的职业道德,积极为职业教育事业发展服务；2、应在本专业领域掌握较为坚实的基础理论和系统的专业知识,以及与职业实践有直接联系的知识,技能;具有职业教育的基本理论基础,能够按照职业教育基本规律正确地分析,评价和设计本专业的教学过程,能利用现代教育技术手段从事教学工作;具有从事职业教育专业领域科学研究工作和管理工作的能力；3、应掌握一门外国语,能熟练的阅读本专业领域文献资料,并具备一定的听,说和写作方面的能力；4、应具有良好的身心素质。
主要研究方向：
1、光机电一体化设计
2、复合材料性能与计算机模拟
3、现代机械设计与研究
4、动力机械及工程